BANANAWANI MICOM. CULB: [PX] ( 19 + 1 ) 回目のサンダーボルトII

…タイトル意味不明すぎw

前エントリで試してみた「XDS + xdsme」で、今まで何回も取り上げた波長 1.5 Åでの Thaumatin 結晶のデータを処理してみましょう。

でも、このデータ、実は Unsupported な検出器で取ったんですよね…はたして上手く処理できるんでしょうか？

このデータを取った条件て、

波長： 1.5 Å
ゴニオメータ：縦置き（いわゆる『実験室系配置』）
検出器距離： 75 mm
検出器：某社製CCD検出器

で、この検出器が「XDS」の【Supported Detectors】には含まれていないものです。
ただ、同じメーカーの別のCCD検出器は含まれていますし、メーカー曰く『イメージデータフォーマットは同じ』だそうなので、なんとかなるんじゃないでしょうか？

というわけで、

ubuntu-vm:~/testXDS> xdsme -i "ROTATION_AXIS=0 1 0" Images/Thm15A01*.img
>> Interpreting header of image:  Images/Thm15A010001.img
>> Image format:      （秘密ｗ）

    Simplified XDS Processing

    Diffraction Setup Parameters:

  Detector distance:               -75.00 mm
  X-ray wavelength:                1.5000 A
  Oscillation range:               1.0000 degree

  Beam coordinate X:               2040.0 pixel
                  Y:               2051.0 pixel
  Resolution range:           (45.0, 0.0)
  Image range:                   [1, 360]

  Maximum number of processors avialable:    1


 --->  Running job:               XYCORR
   …

おお、ちゃんとヘッダは読んでそうです…が、なぜ距離がマイナスに？
ま、このまま推移を見守ってみましょう。

 --->  Running job:                 INIT

  Looking at images [1, 4]
  Mean Gain:        0.3
  Min table gain:   0.11
  Max table gain:   0.53
  Mean Backgroud:   68.9
　…

ゲイン 0.3 という値は、iMosflm の出してくる推奨値が 0.33 なので、妥当な値と思われます。

 --->  Running job:               IDXREF

  Unit cell parameters:   57.70 57.71 149.74 89.97 90.00 90.03 
  Space group number:     1
  Indexed spots:          93.9% (19980/21273)
  Spot prediction ESD:       0.45   pixels and  0.22 degrees
  Refined beam position (in mm):      (  102.065,   102.508)
  Refined beam position (in pixels):  (  2041.29,   2050.15)
  Shift in beam position:      0.08 mm  (1.5 pixels)
  Size of the origine index table:       3
  Origin ranking for the best 3 solutions: 
 Quality:            1.00,     9.40,    10.00
 Shift (mm):         0.08,     2.91,     2.81
 Shift (pixels):      1.5,     58.1,     56.2
 Beam X (mm):       102.1,    102.2,    102.0
 Beam Y (mm):       102.5,     99.7,    105.4
 Index Origin:    0  0  0, -1  1  1,  1 -1 -1

    TABLE OF POSSIBLE LATTICES:

 num  Symm  quality  mult     a      b      c    alpha   beta  gamma
 -------------------------------------------------------------------
  1)    P1    0.00     1     57.7   57.7  149.7   90.0   90.0   90.0
  2)    P1    0.10     1     57.7   57.7  149.7   90.0   90.0   90.0
  3)    P2    0.30     2     57.7   57.7  149.7   90.0   90.0   90.0
  4)    P2    0.40     2     57.7   57.7  149.7   90.0   90.0   90.0
  5)    P2    0.80     2     57.7  149.7   57.7   90.0   90.0   90.0
  6)    C2    0.80     4     81.6   81.6  149.7   90.0   90.0   90.0
  7)  C222    1.00     8     81.6   81.6  149.7   90.0   90.0   90.0
  8)    C2    1.00     4     81.6   81.6  149.7   90.0   90.0   90.0
  9)  P222    1.00     4     57.7   57.7  149.7   90.0   90.0   90.0
 10)    P4    1.20     4     57.7   57.7  149.7   90.0   90.0   90.0
　…

格子も決まってそうです。距離がマイナスなのは軸定義の問題なだけですかねぇ…

 --->  Running job:              CORRECT

  RMSd spot position:                    0.74 pix,  0.08 deg.
  Refined Mosaicity:                                0.06 deg.

  Rsym:                                   9.4
  I/sigma:                                7.1
  Suggested high resolution cutoff:      1.58
  Compared reflections:                 879684
  Total number of measures:             879718

イケてんじゃないすか、コレ。

"-A -3"オプションつけて拾わせ直し、xscale2.py かけた結果は、

 SUBSET OF INTENSITY DATA WITH SIGNAL/NOISE >= -3.0 AS FUNCTION OF RESOLUTION
 RESOLUTION     NUMBER OF REFLECTIONS    COMPLETENESS R-FACTOR  R-FACTOR COMPARED I/SIGMA   R-meas  Rmrgd-F  Anomal  SigAno   Nano
   LIMIT     OBSERVED  UNIQUE  POSSIBLE     OF DATA   observed  expected                                      Corr

     6.53       14042     959       967       99.2%       3.6%      3.8%    14042   61.72     3.7%     1.5%    89%   2.612     332
     4.61       26736    1743      1743      100.0%       3.5%      3.8%    26736   66.41     3.6%     1.2%    61%   1.745     719
     3.77       34580    2258      2258      100.0%       3.3%      3.8%    34580   68.69     3.5%     1.2%    49%   1.323     975
     3.26       40386    2647      2647      100.0%       3.7%      4.1%    40386   62.07     3.8%     1.4%    32%   1.198    1171
     2.92       45840    3015      3015      100.0%       4.6%      4.7%    45840   54.13     4.7%     1.8%    27%   1.136    1358
     2.66       50589    3353      3353      100.0%       6.0%      5.9%    50589   43.70     6.2%     2.4%    24%   1.124    1521
     2.47       53856    3608      3608      100.0%       7.3%      7.1%    53856   38.03     7.6%     3.1%    25%   1.129    1653
     2.31       56937    3885      3885      100.0%       8.1%      7.8%    56937   34.54     8.4%     3.6%    21%   1.113    1791
     2.18       59978    4156      4157      100.0%       9.3%      9.0%    59978   31.16     9.7%     4.1%    17%   1.062    1928
     2.06       61526    4346      4346      100.0%      11.1%     10.8%    61526   26.46    11.5%     5.1%    12%   1.000    2023
     1.97       64384    4623      4623      100.0%      13.9%     13.6%    64381   22.14    14.5%     6.6%    11%   0.967    2155
     1.88       65690    4826      4826      100.0%      17.8%     17.8%    65689   18.05    18.5%     8.7%    11%   0.964    2262
     1.81       66259    4982      4986       99.9%      25.6%     26.6%    66257   12.91    26.6%    12.9%     2%   0.860    2341
     1.74       68325    5247      5253       99.9%      33.1%     35.6%    68321   10.49    34.5%    16.6%     5%   0.858    2465
     1.69       68978    5426      5428      100.0%      46.0%     51.0%    68972    7.61    48.0%    24.1%    12%   0.835    2556
     1.63       59367    5353      5550       96.5%      57.3%     63.8%    59331    5.53    60.2%    34.9%    36%   0.915    2517
     1.58       39028    4875      5787       84.2%      64.6%     70.8%    38971    3.72    69.1%    46.8%     1%   0.743    2288
     1.54       25546    4207      5924       71.0%      84.7%     94.2%    25457    2.19    92.8%    74.6%    -1%   0.721    1951
     1.50       14987    3146      6114       51.5%     116.0%    132.6%    14895    1.23   130.5%   122.5%     0%   0.656    1438
     1.46        5741    1736      6264       27.7%     180.5%    208.6%     5533    0.57   213.1%   263.0%     5%   0.613     713
    total      922775   74391     84734       87.8%       9.2%      9.6%   922277   23.28     9.6%    11.2%    17%   0.975   34157

iMosflm + Scala(on rotation axis with secondary beam correction) での統計値が、

   N 1/d^2 Dmin(A) Rmrg  Rfull   Rcum  Ranom  Nanom    Av_I  SIGMA I/sigma   sd Mn(I/sd)  Nmeas   Nref  Ncent FRCBIAS  Nbias
  1 0.0365  5.23  0.048  0.047  0.048  0.017    693     9653    794  12.2    682  51.4    27560    1138   445  -0.007   6981
  2 0.0730  3.70  0.042  0.040  0.043  0.010   1450    18865   1296  14.6   1056  72.6    52030    1928   478   0.001  13259
  3 0.1095  3.02  0.049  0.046  0.045  0.011   1939    11872    919  12.9    782  62.9    66639    2411   472   0.006  16759
  4 0.1460  2.62  0.064  0.062  0.049  0.014   2344     5511    525  10.5    512  45.7    77423    2814   470   0.006  18892
  5 0.1825  2.34  0.085  0.081  0.053  0.018   2684     3469    422   8.2    413  36.7    85566    3153   469   0.004  20435
  6 0.2191  2.14  0.105  0.100  0.057  0.021   2995     2633    390   6.7    367  31.8    92385    3460   466   0.001  22461
  7 0.2556  1.98  0.141  0.135  0.062  0.026   3277     1786    356   5.0    316  25.7    99029    3723   460  -0.004  24060
  8 0.2921  1.85  0.206  0.196  0.067  0.036   3503     1106    319   3.5    281  19.4   104434    3925   454  -0.024  26225
  9 0.3286  1.74  0.319  0.303  0.072  0.051   3742      651    290   2.2    252  13.9   111014    4146   450  -0.028  28651
 10 0.3651  1.66  0.464  0.442  0.077  0.076   3917      403    258   1.6    235   9.7   112080    4304   438  -0.031  28145

ですから、かなりキレイに処理出来てるようですね。

※2011-04-24 追記

上記 XDS + XSCALE2 処理データについて、ココでやったような最大分解能を変えたshelx C/D/E による S-SAD 解析を施してみました。

結果は、

最大分解能	CC_allの最頻値	BestCC_all	Contrast_(ori)	Contrast_(inv)	Maxσ(mode)
2.2	13.419	15.64	0.377	0.371	1.767
2.3	14.614	17.02	0.356	0.352	2.016
2.4	16.222	27.12	0.745	0.394	7.589
2.6	17.686	29.73	0.743	0.412	7.314
2.8	21.405	34.52	0.526	0.438	8.275
3.0	24.525	40.88	0.747	0.431	9.374
3.2	26.694	42.15	0.746	0.406	9.384
3.4	29.517	45.79	0.476	0.428	5.881
3.6	31.364	47.45	0.746	0.400	6.567
3.8	34.385	48.08	0.518	0.405	7.104
4.0	37.500	51.34	0.750	0.423	4.722
4.2	41.613	52.66	0.482	0.436	3.202
4.4	42.455	54.24	0.470	0.431	3.442

と、こんな感じでした。

位相が決まったと思われる分解能領域が、2.4 ～ 4.0 Åと、前回の「iMosflm + Scala（on rotation axis with secondary beam absorption）」と比べて、広くなっています。

…が、このことだけを以て「XDS + XSCALE2」のほうがキレイなデータを出す、とは断言できませんが……

BANANAWANI MICOM. CULB

2011年4月22日金曜日

[PX] ( 19 + 1 ) 回目のサンダーボルトII

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