XDS で拾った回折強度を Scala でスケーリングしてみようかと思います。そのためには、XDS_ASCII.HKL を マルチレコード MTZ に変換しなければなりません。
今回は、そこらへんをやってみました。
…その前に、ちょっと確認＆修正。
前回・前々回に処理して出力された XDS_ASCII.HKL の中をちょっと覗いてみましょう。
!FORMAT=XDS_ASCII MERGE=FALSE FRIEDEL'S_LAW=FALSE
!OUTPUT_FILE=XDS_ASCII.HKL DATE=20-Apr-2011
!Generated by CORRECT (VERSION December 6, 2010)
!PROFILE_FITTING= TRUE
!NAME_TEMPLATE_OF_DATA_FRAMES=img/Thm15A010???.img SMV
!DATA_RANGE= 1 360
!ROTATION_AXIS= 0.001140 0.999999 0.000131
!OSCILLATION_RANGE= 1.000000
!STARTING_ANGLE= -180.000
!STARTING_FRAME= 1
!INCLUDE_RESOLUTION_RANGE= 45.000 1.459
!SPACE_GROUP_NUMBER= 89
!UNIT_CELL_CONSTANTS= 57.845 57.845 150.127 90.000 90.000 90.000
…
!FORMAT=XDS_ASCII MERGE=FALSE FRIEDEL'S_LAW=FALSE
!OUTPUT_FILE=XDS_ASCII.HKL DATE=20-Apr-2011
!Generated by CORRECT (VERSION December 6, 2010)
!PROFILE_FITTING= TRUE
!NAME_TEMPLATE_OF_DATA_FRAMES=img/Lys15A03_?????.img SMV
!DATA_RANGE= 1 360
!ROTATION_AXIS= -0.999976 -0.002277 -0.006479
!OSCILLATION_RANGE= 1.000000
!STARTING_ANGLE= 0.000
!STARTING_FRAME= 1
!INCLUDE_RESOLUTION_RANGE= 45.000 1.304
!SPACE_GROUP_NUMBER= 89
!UNIT_CELL_CONSTANTS= 78.840 78.840 36.986 90.000 90.000 90.000
…
う～ん、どちらも空間群が「89 (P422)」になってますねぇ… xdsme には -s オプションで正しい空間群を与えたはずなのに…
どうも、xdsme で -s オプションで空間群を与えても、-c オプションで格子定数を与えなければ、それは無視されてしまうようです。
そういえば、xdsme のログに Warning が出てました。
ubuntu-vm:~> xdsme -A -3 -s P43212 -i "ROTATION_AXIS=-1 0 0" IMG/Lys15A03_*.img
>> Interpreting header of image: IMG/Lys15A03_00001.img
>> Image format: adsc
>> Detector type: ADSC 315
Simplified XDS Processing
Diffraction Setup Parameters:
Detector distance: 80.00 mm
X-ray wavelength: 1.5000 A
Oscillation range: 1.0000 degree
Beam coordinate X: 1538.0 pixel
Y: 1534.0 pixel
Resolution range: (45.0, 0.0)
Image range: [1, 360]
Maximum number of processors avialable: 1
WARNING: Spacegroup is defined but not cell. Waiting for indexation for setting cell.
Imposed Space group: P4(3)2(1)2, number 96
Starting at step: 3 (IDXREF)
---> Running job: IDXREF
…
というわけで、-c オプションも与えて、拾わせ直しです（マンドクセ ('A`)）。
ubuntu-vm:~/test8> xdsme -A -3 -s P43212 -c "78.8 78.8 36.9 90 90 90" -i "ROTATION_AXIS=-1 0 0" IMG/Lys15A03_*.img
>> Interpreting header of image: IMG/Lys15A03_00001.img
>> Image format: adsc
>> Detector type: ADSC 315
Simplified XDS Processing
Diffraction Setup Parameters:
Detector distance: 80.00 mm
X-ray wavelength: 1.5000 A
Oscillation range: 1.0000 degree
Beam coordinate X: 1538.0 pixel
Y: 1534.0 pixel
Resolution range: (45.0, 0.0)
Image range: [1, 360]
Maximum number of processors avialable: 1
Imposed Space group: P4(3)2(1)2, number 96
Starting at step: 3 (IDXREF)
---> Running job: IDXREF
…
出力された XDS_ASCII.HKL は、
!FORMAT=XDS_ASCII MERGE=FALSE FRIEDEL'S_LAW=FALSE
!OUTPUT_FILE=XDS_ASCII.HKL DATE=25-Apr-2011
!Generated by CORRECT (VERSION December 6, 2010)
!PROFILE_FITTING= TRUE
!NAME_TEMPLATE_OF_DATA_FRAMES=img/Lys15A03_?????.img SMV
!DATA_RANGE= 1 360
!ROTATION_AXIS= -0.999976 -0.002276 -0.006475
!OSCILLATION_RANGE= 1.000000
!STARTING_ANGLE= 0.000
!STARTING_FRAME= 1
!INCLUDE_RESOLUTION_RANGE= 45.000 1.533
!SPACE_GROUP_NUMBER= 96
!UNIT_CELL_CONSTANTS= 78.838 78.838 36.985 90.000 90.000 90.000
…
ちゃんと空間群「96（P43212）」になっています。
さて、前置きが長くなりましたが、この XDS_ASCII.HKL をマルチレコード MTZ に変換します。
変換方法は、ココに２つ載っていますが、特に面倒だったり難しかったりはないはずです。
1つめは、Combat で読み込む方法です。wiki にはスクリプトで書いてありますが、あえて ccp4i でやってみましょう。
【Data Reduction】→【Import Integrated Data】→【Import Unmerged Data (Combat)】で Combat を起動します。
ファイルブラウズでのデフォルト拡張子が「*.hkl」なので、「*.HKL」と大文字に書き換えないと、XDS_ASCII.HKLが見つかりませんw
wiki によると、この Combat では、「ヘッダの全ての情報を正しく読むわけではないっぽい」、とか書かれています。
できた MTZ ファイルを MTZdump で見てみると、
…
* Dataset ID, project/crystal/dataset names, cell dimensions, wavelength:
1 test8
Lysozyme
Lys15A03
78.8380 78.8380 36.9850 90.0000 90.0000 90.0000
0.00000
…
確かに、測定波長が読み込まれていませんね。【Extra Information for MTZ file】で明記しておきますかね。
この後は、sortmtz してやれば、Scala に放り込むことができます。
ccp4i から Scala をかけるのであれば、前処理で sortmtz が実行されますので、そのままでOKです。
2つめの方法は、pointless を使ってマルチレコード MTZ に変換する方法です。
【Data Reduction】→【Import Integrated Data】→【Import Unmerged Data (Pointless)】でタスクを起動します。
【Job title】の下にある４つのスイッチですが、ただ変換するだけだと思って、４つともオフにすると、
空間群判定が実行されてしまい、この場合ですと「P41212」に書き換えられてしまいます。
ですので、【Choose a previous solution】をオンにし、【Choose a solution】タブで空間群を指定してやります。
これで、空間群判定が無視され、指定した空間群が書き込まれます。
また、pointless ですと、測定波長も正しく読み込まれます。
…
* Dataset ID, project/crystal/dataset names, cell dimensions, wavelength:
1 XDSproject
XDScrystal
XDSdataset
78.8380 78.8380 36.9850 90.0000 90.0000 90.0000
1.50000
…
* Cell Dimensions : (obsolete - refer to dataset cell dimensions above)
78.8380 78.8380 36.9850 90.0000 90.0000 90.0000
* Resolution Range :
0.00064 0.42574 ( 39.419 - 1.533 A )
* Sort Order :
1 2 3 4 5
* Space group = 'P 43 21 2' (number 96)
…
さて、これでマルチレコード MTZ ができました。
次回は、Scala でスケーリングしてみましょう。
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