[PX] S-SAD について私が知っている二、三の事柄 その2

（承前）

今回は、shelxD のパラメータと結果の評価についてです。



２． CC_all の絶対値で結果を判断してはいけない
３． 最大分解能を変えてみるのは有効である

この２つは互いに関係しあうので、まとめて書いていきます。

shelxD の結果について、「CC_all が 40 を越えると解が見つかってる」とか「 30 % を越えるとおそらく正解」とか書かれた資料があります。これらの資料自体の信憑性を云々するつもりは全くありませんが、上記記述のような指標は、およそ一面的であり、盲信するのはよろしくない、と（私個人は）考えています。

※上記リンクした資料は、S-SAD解析をする上で、非常に参考になる資料なので、一読をお勧めします（というか読んでない奴いないでしょw）。

前エントリで示したデータなんかは、BestCC_all が 38 くらいですので、1つ目の指標からは漏れていますが、S-SAD には成功しています。

そもそも、CC_all の値は何に依存するんでしょうか？ ここで、３．とも関係するのですが、ちょっと shelxD に与える最大分解能を変えたデータを見てみましょう。

前エントリで用いた Thumatin 結晶の「on rotation axis with secondary beam correction」スケーリングしたデータの、最大分解能を変えて shelxD と E にかけた結果が以下になります（D の Try数は100、E のcycle数は200に固定）。

最大分解能	CCallの最頻値	BestCCall	Contrast(ori)	Contrast(inv)
2.2	12.706	15.28	0.410	0.392
2.4	14.477	17.48	0.436	0.380
2.5	16.295	19.27	0.389	0.410
2.6	17.442	24.96	0.718	0.421
2.8	20.400	29.53	0.514	0.452
3.0	22.523	36.59	0.730	0.444
3.2	25.469	38.16	0.734	0.438
3.4	27.526	42.03	0.715	0.437
3.6	31.333	45.88	0.571	0.430
3.8	33.538	47.87	0.733	0.451
4.0	35.367	49.19	0.511	0.436
4.2	38.519	50.44	0.479	0.416
4.4	41.385	47.01	0.463	0.428
4.6	41.500	49.05	0.493	0.418

CC_all の値は最大分解能を悪くすると大きくなるようです。これは、誤差の大きな高角の回折が減ることで、相対的に精度が上がってることに由来するものと考えられます。
また、それに伴ってBestCC_all も大きくなっていってますが、shelxE でもっともらしい解が得られている（ori と inv のコントラスト差が大きい）のは、最大分解能 3.8 Åまでです。

つまり、「shelxD に与える最大分解能を変えると解が見つかることがあるが、その判断はCC_all の絶対値でしてはいけない」ということで、「CC_all が間違った解の集団から飛び抜けて高いかどうか」を見なければならない、ということでしょう。

機械的に判断するには、『CC_all 最頻値周辺の分布が持つ標準偏差（用語が厳密には正しくありませんがw）と、それに対してBestCC_all が何σか』を見るのが１つの手だと思います。

この手法を上記データに適用してみると、

最大分解能	CCallの最頻値	BestCCall	Contrast(ori)	Contrast(inv)	Maxσ(mode)
2.2	12.706	15.28	0.410	0.392	2.893
2.4	14.477	17.48	0.436	0.380	2.344
2.5	16.295	19.27	0.389	0.410	2.459
2.6	17.442	24.96	0.718	0.421	6.199
2.8	20.400	29.53	0.514	0.452	5.922
3.0	22.523	36.59	0.730	0.444	10.370
3.2	25.469	38.16	0.734	0.438	8.518
3.4	27.526	42.03	0.715	0.437	8.222
3.6	31.333	45.88	0.571	0.430	7.812
3.8	33.538	47.87	0.733	0.451	4.750
4.0	35.367	49.19	0.511	0.436	6.586
4.2	38.519	50.44	0.479	0.416	4.557
4.4	41.385	47.01	0.463	0.428	2.490
4.6	41.500	49.05	0.493	0.418	3.356

と、こんな感じになります。

この指標を shelxD のログから計算する Tcl スクリプトはココからダウンロードできます。