…タイトル意味不明すぎw前エントリで試してみた「XDS + xdsme」で、今まで何回も取り上げた波長 1.5 Åでの Thaumatin 結晶のデータを処理してみましょう。
でも、このデータ、実は Unsupported な検出器で取ったんですよね…はたして上手く処理できるんでしょうか？
このデータを取った条件て、
- 波長： 1.5 Å
- ゴニオメータ： 縦置き（いわゆる『実験室系配置』）
- 検出器距離： 75 mm
- 検出器： 某社製CCD検出器
で、この検出器が「XDS」の【Supported Detectors】には含まれていないものです。
ただ、同じメーカーの別のCCD検出器は含まれていますし、メーカー曰く『イメージデータフォーマットは同じ』だそうなので、なんとかなるんじゃないでしょうか？
というわけで、
ubuntu-vm:~/testXDS> xdsme -i "ROTATION_AXIS=0 1 0" Images/Thm15A01*.img >> Interpreting header of image: Images/Thm15A010001.img >> Image format: （秘密ｗ） Simplified XDS Processing Diffraction Setup Parameters: Detector distance: -75.00 mm X-ray wavelength: 1.5000 A Oscillation range: 1.0000 degree Beam coordinate X: 2040.0 pixel Y: 2051.0 pixel Resolution range: (45.0, 0.0) Image range: [1, 360] Maximum number of processors avialable: 1 ---> Running job: XYCORR …
おお、ちゃんとヘッダは読んでそうです…が、なぜ距離がマイナスに？
ま、このまま推移を見守ってみましょう。
---> Running job: INIT Looking at images [1, 4] Mean Gain: 0.3 Min table gain: 0.11 Max table gain: 0.53 Mean Backgroud: 68.9 …
ゲイン 0.3 という値は、iMosflm の出してくる推奨値が 0.33 なので、妥当な値と思われます。
---> Running job: IDXREF Unit cell parameters: 57.70 57.71 149.74 89.97 90.00 90.03 Space group number: 1 Indexed spots: 93.9% (19980/21273) Spot prediction ESD: 0.45 pixels and 0.22 degrees Refined beam position (in mm): ( 102.065, 102.508) Refined beam position (in pixels): ( 2041.29, 2050.15) Shift in beam position: 0.08 mm (1.5 pixels) Size of the origine index table: 3 Origin ranking for the best 3 solutions: Quality: 1.00, 9.40, 10.00 Shift (mm): 0.08, 2.91, 2.81 Shift (pixels): 1.5, 58.1, 56.2 Beam X (mm): 102.1, 102.2, 102.0 Beam Y (mm): 102.5, 99.7, 105.4 Index Origin: 0 0 0, -1 1 1, 1 -1 -1 TABLE OF POSSIBLE LATTICES: num Symm quality mult a b c alpha beta gamma ------------------------------------------------------------------- 1) P1 0.00 1 57.7 57.7 149.7 90.0 90.0 90.0 2) P1 0.10 1 57.7 57.7 149.7 90.0 90.0 90.0 3) P2 0.30 2 57.7 57.7 149.7 90.0 90.0 90.0 4) P2 0.40 2 57.7 57.7 149.7 90.0 90.0 90.0 5) P2 0.80 2 57.7 149.7 57.7 90.0 90.0 90.0 6) C2 0.80 4 81.6 81.6 149.7 90.0 90.0 90.0 7) C222 1.00 8 81.6 81.6 149.7 90.0 90.0 90.0 8) C2 1.00 4 81.6 81.6 149.7 90.0 90.0 90.0 9) P222 1.00 4 57.7 57.7 149.7 90.0 90.0 90.0 10) P4 1.20 4 57.7 57.7 149.7 90.0 90.0 90.0 …
格子も決まってそうです。距離がマイナスなのは軸定義の問題なだけですかねぇ…
---> Running job: CORRECT RMSd spot position: 0.74 pix, 0.08 deg. Refined Mosaicity: 0.06 deg. Rsym: 9.4 I/sigma: 7.1 Suggested high resolution cutoff: 1.58 Compared reflections: 879684 Total number of measures: 879718
イケてんじゃないすか、コレ。
"-A -3"オプションつけて拾わせ直し、xscale2.py かけた結果は、
SUBSET OF INTENSITY DATA WITH SIGNAL/NOISE >= -3.0 AS FUNCTION OF RESOLUTION
RESOLUTION NUMBER OF REFLECTIONS COMPLETENESS R-FACTOR R-FACTOR COMPARED I/SIGMA R-meas Rmrgd-F Anomal SigAno Nano
LIMIT OBSERVED UNIQUE POSSIBLE OF DATA observed expected Corr
6.53 14042 959 967 99.2% 3.6% 3.8% 14042 61.72 3.7% 1.5% 89% 2.612 332
4.61 26736 1743 1743 100.0% 3.5% 3.8% 26736 66.41 3.6% 1.2% 61% 1.745 719
3.77 34580 2258 2258 100.0% 3.3% 3.8% 34580 68.69 3.5% 1.2% 49% 1.323 975
3.26 40386 2647 2647 100.0% 3.7% 4.1% 40386 62.07 3.8% 1.4% 32% 1.198 1171
2.92 45840 3015 3015 100.0% 4.6% 4.7% 45840 54.13 4.7% 1.8% 27% 1.136 1358
2.66 50589 3353 3353 100.0% 6.0% 5.9% 50589 43.70 6.2% 2.4% 24% 1.124 1521
2.47 53856 3608 3608 100.0% 7.3% 7.1% 53856 38.03 7.6% 3.1% 25% 1.129 1653
2.31 56937 3885 3885 100.0% 8.1% 7.8% 56937 34.54 8.4% 3.6% 21% 1.113 1791
2.18 59978 4156 4157 100.0% 9.3% 9.0% 59978 31.16 9.7% 4.1% 17% 1.062 1928
2.06 61526 4346 4346 100.0% 11.1% 10.8% 61526 26.46 11.5% 5.1% 12% 1.000 2023
1.97 64384 4623 4623 100.0% 13.9% 13.6% 64381 22.14 14.5% 6.6% 11% 0.967 2155
1.88 65690 4826 4826 100.0% 17.8% 17.8% 65689 18.05 18.5% 8.7% 11% 0.964 2262
1.81 66259 4982 4986 99.9% 25.6% 26.6% 66257 12.91 26.6% 12.9% 2% 0.860 2341
1.74 68325 5247 5253 99.9% 33.1% 35.6% 68321 10.49 34.5% 16.6% 5% 0.858 2465
1.69 68978 5426 5428 100.0% 46.0% 51.0% 68972 7.61 48.0% 24.1% 12% 0.835 2556
1.63 59367 5353 5550 96.5% 57.3% 63.8% 59331 5.53 60.2% 34.9% 36% 0.915 2517
1.58 39028 4875 5787 84.2% 64.6% 70.8% 38971 3.72 69.1% 46.8% 1% 0.743 2288
1.54 25546 4207 5924 71.0% 84.7% 94.2% 25457 2.19 92.8% 74.6% -1% 0.721 1951
1.50 14987 3146 6114 51.5% 116.0% 132.6% 14895 1.23 130.5% 122.5% 0% 0.656 1438
1.46 5741 1736 6264 27.7% 180.5% 208.6% 5533 0.57 213.1% 263.0% 5% 0.613 713
total 922775 74391 84734 87.8% 9.2% 9.6% 922277 23.28 9.6% 11.2% 17% 0.975 34157
iMosflm + Scala(on rotation axis with secondary beam correction) での統計値が、
N 1/d^2 Dmin(A) Rmrg Rfull Rcum Ranom Nanom Av_I SIGMA I/sigma sd Mn(I/sd) Nmeas Nref Ncent FRCBIAS Nbias
1 0.0365 5.23 0.048 0.047 0.048 0.017 693 9653 794 12.2 682 51.4 27560 1138 445 -0.007 6981
2 0.0730 3.70 0.042 0.040 0.043 0.010 1450 18865 1296 14.6 1056 72.6 52030 1928 478 0.001 13259
3 0.1095 3.02 0.049 0.046 0.045 0.011 1939 11872 919 12.9 782 62.9 66639 2411 472 0.006 16759
4 0.1460 2.62 0.064 0.062 0.049 0.014 2344 5511 525 10.5 512 45.7 77423 2814 470 0.006 18892
5 0.1825 2.34 0.085 0.081 0.053 0.018 2684 3469 422 8.2 413 36.7 85566 3153 469 0.004 20435
6 0.2191 2.14 0.105 0.100 0.057 0.021 2995 2633 390 6.7 367 31.8 92385 3460 466 0.001 22461
7 0.2556 1.98 0.141 0.135 0.062 0.026 3277 1786 356 5.0 316 25.7 99029 3723 460 -0.004 24060
8 0.2921 1.85 0.206 0.196 0.067 0.036 3503 1106 319 3.5 281 19.4 104434 3925 454 -0.024 26225
9 0.3286 1.74 0.319 0.303 0.072 0.051 3742 651 290 2.2 252 13.9 111014 4146 450 -0.028 28651
10 0.3651 1.66 0.464 0.442 0.077 0.076 3917 403 258 1.6 235 9.7 112080 4304 438 -0.031 28145
ですから、かなりキレイに処理出来てるようですね。
※2011-04-24 追記
上記 XDS + XSCALE2 処理データについて、ココでやったような最大分解能を変えたshelx C/D/E による S-SAD 解析を施してみました。
結果は、
| 最大分解能 | CCallの最頻値 | BestCCall | Contrast(ori) | Contrast(inv) | Maxσ(mode) |
|---|---|---|---|---|---|
| 2.2 | 13.419 | 15.64 | 0.377 | 0.371 | 1.767 |
| 2.3 | 14.614 | 17.02 | 0.356 | 0.352 | 2.016 |
| 2.4 | 16.222 | 27.12 | 0.745 | 0.394 | 7.589 |
| 2.6 | 17.686 | 29.73 | 0.743 | 0.412 | 7.314 |
| 2.8 | 21.405 | 34.52 | 0.526 | 0.438 | 8.275 |
| 3.0 | 24.525 | 40.88 | 0.747 | 0.431 | 9.374 |
| 3.2 | 26.694 | 42.15 | 0.746 | 0.406 | 9.384 |
| 3.4 | 29.517 | 45.79 | 0.476 | 0.428 | 5.881 |
| 3.6 | 31.364 | 47.45 | 0.746 | 0.400 | 6.567 |
| 3.8 | 34.385 | 48.08 | 0.518 | 0.405 | 7.104 |
| 4.0 | 37.500 | 51.34 | 0.750 | 0.423 | 4.722 |
| 4.2 | 41.613 | 52.66 | 0.482 | 0.436 | 3.202 |
| 4.4 | 42.455 | 54.24 | 0.470 | 0.431 | 3.442 |
と、こんな感じでした。
位相が決まったと思われる分解能領域が、2.4 ～ 4.0 Åと、前回の「iMosflm + Scala（on rotation axis with secondary beam absorption）」と比べて、広くなっています。
…が、このことだけを以て「XDS + XSCALE2」のほうがキレイなデータを出す、とは断言できませんが……
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