[PX] crossec 再び

以前アップした「crossec の ccp4i インターフェイス」ですが、ちょっと思うところがあってアップデートしました。

[PX] hkl2map の文字を小さくする

前エントリでも触れましたが、Ubuntu にインストールした hkl2map のグラフ中の文字がデカいのが気になって仕方ありません。

グラフX・Y軸の文字は、後からメニューで小さくすることは可能ですが、キャプションは変えられません。また、グラフ以外にも、メッセージボックスの文字がデカいのも気になります。

というわけで、これらを小さくするために、hkl2map に手を入れてみました。

[PX]もう全部Windowsだけでいいんじゃないか その２

前エントリの続き。解析用ソフトウェアのインストールです。

[PX]もう全部Windowsだけでいいんじゃないか その１

いま解析に使ってるマシンが「Vine linux 4.2」、ソフトウェアが「ccp4-6.0.2」とか「coot-0.3.1」とか、さすがに古すぎなので、新調しようと考えました。

で、「HKL2000持ってないし、Mosflmもccp4もccp4iもshelxもcootもWindows版あるし、もうWindowsだけで全部できるんじゃね？」とか思ったんですが、他のLinux版しかないソフトウェアを全く使わないわけでもありません。

新しいマシンを調達するのも面倒ですし、いま使ってるマシンのＯＳ入れ替えるのも失敗したとき痛すぎます。

「Windows大好きっコ」なので、出来るだけWindowsでなんとかしたいなぁ、、、と考えた結果、Windows上に仮想マシン作って、そこへLinuxインストールすることにしました。

とりあえず本エントリは、その１として、仮想マシン作成とLinuxインストールまで。

あ、一応言っときますが、本エントリは現在進行中なので、上手くいかないかもしれません。
まぁ、そんときはそんときですので、参考にしようという物好きな方は、そこんとこご了承の上で。

[PX] hkl2map から Loggraph へ

前エントリでも触れた素敵GUI「hkl2map」、こいつの素敵なところの１つに、重原子位置探索の結果や、溶媒平滑化によるマップコントラストをリアルタイムにグラフ表示してくれる、てのがあります。

でも、このグラフ表示は、hkl2map 起動中しか有効ではなく、hkl2map を閉じると消えてしまいます。
また、実行終了後にこのグラフだけを shelx のログがら再現して表示させることは出来ず、グラフが見たければ面倒でも shelx の再計算が必要です（私が知らないだけで、再現させる方法があるんでしょうか？）。

これは面倒なので、shelx のログから hkl2map と同等なグラフを描画させるGUIを作ってみました。

[PX] hkl2map から Coot へ

重原子位置の決定・精密化と溶媒平滑化を行ってくれる shelxC/D/E には、「hkl2map」という素敵なGUIがあります。
これを使えば、スクリプトを一切手書きせずに、全てGUIで位相精密化まで行なうことができ、あまつさえボタン一発で、得られたマップの表示と確認まで行なうことができます。

…でも、マップ表示が「XFit（XtalView）」なんですよね。

XFit（というかXtalView）には、リモート環境下で上手く動かすのが難しい（少なくとも筆者は成功させたことがない）という問題があるのと、「hkl2map のためだけに XtalView インストールするのもなぁ」という気もします。

そこで、hkl2map のマップ確認を Coot で行なう（のを補助する）スクリプトを書いてみました。

[PX] とある位相決定・精密化ソフトウェアのインターフェイス

昔作ったスクリプトシリーズ。
…あんまりコレについて多くを語りたくありません。