[PX] ( 19 + 1 ) 回目のサンダーボルトII

…タイトル意味不明すぎw

前エントリで試してみた「XDS + xdsme」で、今まで何回も取り上げた波長 1.5 Åでの Thaumatin 結晶のデータを処理してみましょう。

でも、このデータ、実は Unsupported な検出器で取ったんですよね…はたして上手く処理できるんでしょうか？

[PX] xds me to the moon

最初、「xds me tonight」というエントリタイトルにしようかと思ったんですが、ヤメましたｗ

回折強度積分ソフトウェアである『XDS』と、そのヘルパースクリプト『xdsme』を使ってみました。

XDS は、ディテクタ設定や測定条件なんかを全てインプットファイルに書かないといけないので、面倒くさくて敬遠してたんですが、xdsme という python スクリプトを用いることで、そのほとんど全てをイメージファイルのヘッダ情報から抽出し、インプットファイルを自動生成してくれてとても楽チン、と風の噂で聞いたので、やってみることにしました。

評判に違わず、なかなかイイですね、コレ。

[PX] S-SAD について私が知っている二、三の事柄 その3

（承前）

このエントリで（多分）最後です。

[PX] S-SAD について私が知っている二、三の事柄 その2

（承前）

今回は、shelxD のパラメータと結果の評価についてです。

[PX] S-SAD について私が知っている二、三の事柄 その1

タイトルが「ライフハック」系くさくって、生理的にとても気持ち悪いですが、まぁイイでしょうｗ

アクセス解析の結果、PX 関連のエントリを同業者は見ていないことが分かりましたので、以降チラ裏モードで行きます。

S-SAD を行なう上において、不明に思う点として、

1. このタンパク（の結晶）は、S-SAD解析ができるのか？
2. S-SAD解析をおこなうに適した回折データ収集条件（測定波長、冗長度…）は？
3. 得られた回折データを、どのようなパラメータで S-SAD解析するか？

の３点が多いのではないでしょうか。

3. について、解析ソフトウェアに「shelx C/D(/E)」を使った場合に私が経験したことを、ちょっと書いてみます。

…長いですよw

[PX] E はいらない子？

"shelxＤで重原子位置決めたら、後は Solve/Resolve で位相つける"という人も多いんではないでしょうか。

今回は、そういうお話です。

※Ｅも、高分解能 or 高溶媒含量の場合には、結構キレイな位相をつけるんですけどねぇ…

[PX] ccp4i Task 小ネタ

なんの変哲もないシンプルなカレンダーソフト。

でもこのGUIの感じ、どこかで見た記憶ありませんか…

これ、ccp4i から呼び出せるカレンダーTask なんですｗ

ダウンロードはココから。インストールすると [Program List]中で cad の下あたりに入ります。

iCalやGoogleカレンダーと同期したりはしませんが、表示月の変更は一応できます。

日本語環境下だと、ちょっと字の上下がキレる＆曜日がズレるのが残念です。

解析中に予定を尋ねられた時とかにネタとしてどうぞｗ