[PX] Scala 最強伝説

「～最強伝説」というと、Opera だったり、黒魔だったり赤魔だったりするわけですが、いずれにしてもその内実は、嫉妬・羨望・侮蔑・自虐が綯い交ぜになったものであるのが常です。

…ま、意味はよくわかりませんが、XDS の出力した XDS_ASCII.HKL を、Scala で処理してみましたよ、ということです。

[PX] MTZ への階段

XDS で拾った回折強度を Scala でスケーリングしてみようかと思います。
そのためには、XDS_ASCII.HKL を マルチレコード MTZ に変換しなければなりません。

今回は、そこらへんをやってみました。

[PX] ( 19 + 1 ) 回目のサンダーボルトII

…タイトル意味不明すぎw

前エントリで試してみた「XDS + xdsme」で、今まで何回も取り上げた波長 1.5 Åでの Thaumatin 結晶のデータを処理してみましょう。

でも、このデータ、実は Unsupported な検出器で取ったんですよね…はたして上手く処理できるんでしょうか？

[PX] xds me to the moon

最初、「xds me tonight」というエントリタイトルにしようかと思ったんですが、ヤメましたｗ

回折強度積分ソフトウェアである『XDS』と、そのヘルパースクリプト『xdsme』を使ってみました。

XDS は、ディテクタ設定や測定条件なんかを全てインプットファイルに書かないといけないので、面倒くさくて敬遠してたんですが、xdsme という python スクリプトを用いることで、そのほとんど全てをイメージファイルのヘッダ情報から抽出し、インプットファイルを自動生成してくれてとても楽チン、と風の噂で聞いたので、やってみることにしました。

評判に違わず、なかなかイイですね、コレ。

[PX] S-SAD について私が知っている二、三の事柄 その3

（承前）

このエントリで（多分）最後です。

[PX] S-SAD について私が知っている二、三の事柄 その2

（承前）

今回は、shelxD のパラメータと結果の評価についてです。

[PX] S-SAD について私が知っている二、三の事柄 その1

タイトルが「ライフハック」系くさくって、生理的にとても気持ち悪いですが、まぁイイでしょうｗ

アクセス解析の結果、PX 関連のエントリを同業者は見ていないことが分かりましたので、以降チラ裏モードで行きます。

S-SAD を行なう上において、不明に思う点として、

1. このタンパク（の結晶）は、S-SAD解析ができるのか？
2. S-SAD解析をおこなうに適した回折データ収集条件（測定波長、冗長度…）は？
3. 得られた回折データを、どのようなパラメータで S-SAD解析するか？

の３点が多いのではないでしょうか。

3. について、解析ソフトウェアに「shelx C/D(/E)」を使った場合に私が経験したことを、ちょっと書いてみます。

…長いですよw

[PX] E はいらない子？

"shelxＤで重原子位置決めたら、後は Solve/Resolve で位相つける"という人も多いんではないでしょうか。

今回は、そういうお話です。

※Ｅも、高分解能 or 高溶媒含量の場合には、結構キレイな位相をつけるんですけどねぇ…

[PX] ccp4i Task 小ネタ

なんの変哲もないシンプルなカレンダーソフト。

でもこのGUIの感じ、どこかで見た記憶ありませんか…

これ、ccp4i から呼び出せるカレンダーTask なんですｗ

ダウンロードはココから。インストールすると [Program List]中で cad の下あたりに入ります。

iCalやGoogleカレンダーと同期したりはしませんが、表示月の変更は一応できます。

日本語環境下だと、ちょっと字の上下がキレる＆曜日がズレるのが残念です。

解析中に予定を尋ねられた時とかにネタとしてどうぞｗ

[PX] crossec 再び

以前アップした「crossec の ccp4i インターフェイス」ですが、ちょっと思うところがあってアップデートしました。

[PX] hkl2map の文字を小さくする

前エントリでも触れましたが、Ubuntu にインストールした hkl2map のグラフ中の文字がデカいのが気になって仕方ありません。

グラフX・Y軸の文字は、後からメニューで小さくすることは可能ですが、キャプションは変えられません。また、グラフ以外にも、メッセージボックスの文字がデカいのも気になります。

というわけで、これらを小さくするために、hkl2map に手を入れてみました。

[PX]もう全部Windowsだけでいいんじゃないか その２

前エントリの続き。解析用ソフトウェアのインストールです。

[PX]もう全部Windowsだけでいいんじゃないか その１

いま解析に使ってるマシンが「Vine linux 4.2」、ソフトウェアが「ccp4-6.0.2」とか「coot-0.3.1」とか、さすがに古すぎなので、新調しようと考えました。

で、「HKL2000持ってないし、Mosflmもccp4もccp4iもshelxもcootもWindows版あるし、もうWindowsだけで全部できるんじゃね？」とか思ったんですが、他のLinux版しかないソフトウェアを全く使わないわけでもありません。

新しいマシンを調達するのも面倒ですし、いま使ってるマシンのＯＳ入れ替えるのも失敗したとき痛すぎます。

「Windows大好きっコ」なので、出来るだけWindowsでなんとかしたいなぁ、、、と考えた結果、Windows上に仮想マシン作って、そこへLinuxインストールすることにしました。

とりあえず本エントリは、その１として、仮想マシン作成とLinuxインストールまで。

あ、一応言っときますが、本エントリは現在進行中なので、上手くいかないかもしれません。
まぁ、そんときはそんときですので、参考にしようという物好きな方は、そこんとこご了承の上で。

[PX] hkl2map から Loggraph へ

前エントリでも触れた素敵GUI「hkl2map」、こいつの素敵なところの１つに、重原子位置探索の結果や、溶媒平滑化によるマップコントラストをリアルタイムにグラフ表示してくれる、てのがあります。

でも、このグラフ表示は、hkl2map 起動中しか有効ではなく、hkl2map を閉じると消えてしまいます。
また、実行終了後にこのグラフだけを shelx のログがら再現して表示させることは出来ず、グラフが見たければ面倒でも shelx の再計算が必要です（私が知らないだけで、再現させる方法があるんでしょうか？）。

これは面倒なので、shelx のログから hkl2map と同等なグラフを描画させるGUIを作ってみました。

[PX] hkl2map から Coot へ

重原子位置の決定・精密化と溶媒平滑化を行ってくれる shelxC/D/E には、「hkl2map」という素敵なGUIがあります。
これを使えば、スクリプトを一切手書きせずに、全てGUIで位相精密化まで行なうことができ、あまつさえボタン一発で、得られたマップの表示と確認まで行なうことができます。

…でも、マップ表示が「XFit（XtalView）」なんですよね。

XFit（というかXtalView）には、リモート環境下で上手く動かすのが難しい（少なくとも筆者は成功させたことがない）という問題があるのと、「hkl2map のためだけに XtalView インストールするのもなぁ」という気もします。

そこで、hkl2map のマップ確認を Coot で行なう（のを補助する）スクリプトを書いてみました。

[PX] とある位相決定・精密化ソフトウェアのインターフェイス

昔作ったスクリプトシリーズ。
…あんまりコレについて多くを語りたくありません。